Добавить сron можно следующим образом:

Вкладка Webmin -> System -> Scheduled Cron Jobs -> Create a new scheduled  cron gob.

 Заполняем следующие поля:

Execute cron job as: имя пользователя от которого будет выполняется крон, в нашем случае это domain;

Active Command?: тут пишем полный текст задачи (без временных характеристик которые указываются при добавлении задачи через crontab -e);

Выставляем флаг  Times and dates selected below;

Указывем интервал выполнения задачи, в данном случае крон будет выполнятся каждую минуту;

Жмем Create.